Dia, aplicación Open-Source para hacer diagramas y esquemas
Visto en:http://lifehacker.com/396268/dia-does-powerful-diagrams-and-flowcharts
Para Windows y Linux, bastante potente, parece una versión free del famoso Microsoft Visio, incluso puedes almacenarlos en el formato VDX compatible con dicho programa. Lo he usado bastante y la verdad es que está genial, no tiene nada que envidiar a Visio.
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