Utilizando el VDIP1 viniculum chip (un USB Host que cuesta unos 18 €) podremos escribir datos en una Memoria USB con Arduino.
Mediante el uso de comandos DOS podremos navegar por los directorios y crear o eliminar archivos.
Codigo y explicación con mas detalle en arduino.cc.
Todos los comandos disponibles Aqui.
Especificaciones técnicas del VDIP1.