Según la página oficial de esta aplicación, la conversión la hace apoyándose en la librería Turck MMCache for PHP. Otra nota es que esta aplicación no es un compilador real, aunque yo lo haya definido como compilador.
El uso es tan sencillo como:
bamcompile script.php
También puedes comprimir el ejecutable con UPX con la opción -c:
bamcompila -c script.php
Para más información y el resto de opciones podéis ir a la página del proyecto. Si alguien lo ha probado o lo prueba que comente que tal va. Un saludo
Visto aquí.