La forma más sencilla de convertir un disco FAT32 a NTFS
Windows
Abre una línea de comandos y, suponiendo que la unidad G: es la que queremos convertir, escribe:
convert G: /FS:NTFS
Tardará un rato pero no tienes que copiar tus datos (yo de todas formas haría copia de seguridad por si acaso), este comando no debería borrarlos.
No se puede hacer al revés, NTFS a FAT32, tendrías que volver a formatear el disco. Sencillo pero efectivo.